أُنشئَ معهد أبو بكر الصديق نتيجة التعاون بين جامعة المحمدية بسوراكرتا ومؤسسة مسلمي آسيا الخيرية عام 2000م، ويرجى من خريجي هذا المعهد أن يكونوا دعاة لمجتمع المحمدية، ومعلمي اللغة العربية والعلوم الإسلامية، ومترجمي الكتب الإسلامية في إندونيسيا
قامت مؤسسة مسلمي آسيا الخيرية في تعليم اللغة العربية والدراسات الإسلامية منذ بداية إنشاء المعهد حتى عام 2020، وقررت أن معهد أبو بكر تبع الخطوات والمناهج والمقررات المستخدمة في قسم الإعداد اللغوي بمعهد العلوم الإسلامية والعربية بجاكرتا
ومدة الدراسة في المعهد سنتان دراسيتان تتكونان من أربع مستويات، يستغرق كل مستوى 16 أسبوعا، وفي كل أسبوع خمسة أيام دراسية، وفي كل يوم خمس خصص
المدرسون والمدرسات هم خريجو الجامعات في الشرق الأوسط ومعهد العلوم الإسلامية والعربية بجاكرتا
عام 2020 سلمت مؤسسة مسلمي آسيا الخيرية هذا المعهد إلى جامعة المحمدية بسوراكرتا
وتسلمت جامعة المحمدية بسوراكرتا هذا المعهد، واستمرت إدارته كما سبق
وعام 2022 ولّى رئيس جامعة المحمدية بسوراكرتا مديرا جديدا لتخطيط خطة تنمية للمعهد. والبرنامج الموجودة الآن : الإعداد اللغوي، والعربية للجميع، والعربية للمبتدئ
وعام 2024 ولّى رئيس جامعة المحمدية بسوراكرتا مديرا جديدا