أُنشئَ معهد أبو بكر الصديق نتيجة التعاون بين جامعة المحمدية بسوراكرتا ومؤسسة مسلمي آسيا الخيرية عام 2000م، في تعليم اللغة العربية والدراسات الإسلامية ويرجى من خريجي هذا المعهد أن يكونوا دعاة لمجتمع المحمدية، ومعلمي اللغة العربية والعلوم الإسلامية، ومترجمي الكتب الإسلامية في إندونيسيا
قامت مؤسسة مسلمي آسيا الخيرية بادارته منذ بداية إنشاء المعهد حتى عام 2020م، وقررت أن معهد أبو بكر في تعليم اللغة العربية تبع الخطوات والمناهج والمقررات المستخدمة في قسم الإعداد اللغوي بمعهد العلوم الإسلامية والعربية بجاكرتا ومدة الدراسة في المعهد سنتان دراسيتان تتكونان من أربع مستويات، يستغرق كل مستوى 16 أسبوعا، وفي كل أسبوع خمسة أيام دراسية، وفي كل يوم خمس خصص
المدرسون والمدرسات هم خريجو الجامعات في الشرق الأوسط ومعهد العلوم الإسلامية والعربية بجاكرتاعام 2020م سلمت مؤسسة مسلمي آسيا الخيرية هذا المعهد إلى جامعة المحمدية بسوراكرتا، وتسلمت جامعة المحمدية بسوراكرتا هذا المعهد، واستمرت إدارته كما سبق وعام 2022 ولّى رئيس جامعة المحمدية بسوراكرتا مديرا جديدا لتخطيط خطة تنمية للمعهد.
والبرنامج الموجودة الآن : الإعداد اللغوي والعربية للجميع والعربية للمبتدئ ودورة اللغة العربية للمواصلة الدراسة في الشرق الأوسط ودورة اللغة العربية للعمل في الشرق الأوسط واختبار كفاءة اللغة العربية للناطقين بغيرها المعتمد